Kerjasama dilakukan oleh Fakultas Pertanian UPN “Veteran” Yogyakarta dalam rangka mengimplementasikan Tri Dharma Perguruan Tinggi serta meningkatkan kualitas pelaksanaan tugas dan fungsi sesuai dengan kewenangan yang dimiliki. Kerjasama ini melibatkan berbagai institusi di dalam dan luar negeri. Beberapa instansi yang saat ini bekerja sama dengan Fakultas Pertanian adalah sebagai berikut.

Bidang Pendidikan :

1. 30 Fakultas Pertanian Anggota FKPTPI
2. Fakultas Pertanian, Universitas Muhammadiyah Yogyakarta
3. Badan Usaha Milik Desa Bimomartani
4. Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan, Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian, Kementerian Pertanian RI
5. Dinas Tanaman Pangan, Holtikultura, dan Perkebunan Provinsi Bali
6. Balai Penelitian Tanaman Hias
7. Pemerintah Kapanewon Ngemplak
8. Badan Usaha Milik Desa Widodomartani

Bidang Penelitian :

1. Kelurahan Demangan
2. BUMD Bimomartani
3. Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan, Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian, Kementerian Pertanian RI
4. Pusat Penelitian Teh dan Kina
5. Dinas Tanaman Pangan, Hortikultura dan Perkebunan Provinsi Bali
6. Padukuhan Ngalian, Widodomartani, Ngemplak, Sleman
7. Balai Penelitian Tanaman Hias
8. Pemerintah Kapanewon Ngemplak
9. Badan Usaha Milik Desa Widodomartani

Bidang Pengabdian kepada Masyarakat :

1. Singapore Polytechnic (Learning Express)
2. Badan Usaha Milik Desa Bimomartani
3. Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan, Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian, Kementerian Pertanian RI