Di Indonesia, gandum sudah menjadi makanan pokok ke dua setelah beras sehingga impor gandum cenderung terus meningkatk yaitu mencapai 7,4 juta ton pada tahun 2010-2011 dan naik kembali menjadi 7,8 juta ton pada tahun 2011-2012. Hal ini seiring dengan peningkatan jumlah penduduk, adanya globalisasi pangan dunia dan kenyataan bahwa di Indonesia belum memproduksi gandum secara komersial dan untuk program diversifikasi pangan (Subagyo, 2001; Anonim, 2012). Dengan ditemukannya beberapa mutan gandum M6 yang toleran terhadap temperatur tinggi dan cekaman kekeringan di dataran rendah di Indonesia yang beriklim tropis  (Pringgohandoko, 2013), maka besar harapan untuk tanaman gandum bisa dibudidayakan secara luas di Indonesia. Namun mutan gandum M6 yang sudah diperoleh masih perlu banyak dikaji, salah satunya adalah tentang asosiasi mikroorganisme tanah yang menguntungkan bagi tanaman mutan gandum M6. Masing-masing jenis tanaman menghasilkan jenis eksudat akar yang berbeda-beda, sehingga mikrobia yang berasosiasi dengan tanaman yang baru juga bersifat spesifik. Oleh sebab itu perlu dilakukan eksplorasi terhadap rhizobacteria tersebut, sehingga dapat dikembangkan sebagai inokulan PGPR bagi tanaman gandum M6 yang dapat meningkatkan kualitas agronomis serta kuantitas produksinya.

Tujuan dari penelitian Tahun I Tahap I adalah: untuk mengetahui komunitas rhizobacteria pada akar tanaman mutan gandum M6 yang ditanam di dataran rendah, untuk mendapatkan isolat indigenous yang unggul berdasarkan atas kemampuannya dalam menghasilkan fitohormon (IAA), menambat nitrogen, dan melarutkan fosfat. Tujuan penelitian Tahun I Tahap II adalah: untuk mengetahui potensi isolat sebagai inokulan tanaman mutan gandum dalam peningkatan kuantitas dan kualitas biji gandum di dataran rendah. Tujuan penelitian Tahun II adalah: untuk mendapatkan mutan gandum M6 yang ideal yang memiliki Indeks Toleransi, Indeks Toleransi Cekaman dan Indeks Adaptasi yang tinggi terhadap lingkungan di dataran rendah dengan beberapa PGPR sehingga diperoleh hasil biji tinggi dan kualitas baik serta stabil.

Penelitian Tahun I Tahap I dilakukan eksplorasi komunitas rhizobacteria pada rhizosfer tanaman gandum. Isolat yang diuji diseleksi berdasarkan kemampuannya melarutkan P. Untuk meguji aktivitas penambatan N digunakan metode Acetylene Reduction Assay. Bakteri penghasil fitohormon IAA dianalisis secara kolorimetri menggunakan reagen Salkowski. Penelitian Tahun I Tahap II untuk menguji potensi masing-masing isolat terseleksi sebagai inokulan dilakukan pada tanaman mutan gandum M6. Pengujian dilakukan pada tahap pembibitan, secara in vitro. Penelitian Tahun II adalah: Percobaan lapangan di dataran rendah (150 mdpl). Rancangan percobaan yang digunakan adalah Rancangan Acak Kelompok Lengkap dengan 2 faktor. Faktor I adalah mutan gandum M6 yang terdiri atas 4 aras, yaitu: PhD-316, PhW-322, PhP-19 dan PhS-281. Faktor II adalah PGPR terpilih dari Penelitian Tahun I Tahap II, yang diulang 3 kali (blok).

Data hasil penelitian dianalisis dengan menggunakan analisis varian pada tingkat signifikasi 5%, dan dilanjutkan dengan uji jarak berganda Duncan pada tingkat signifikasi 5% apabila ada beda nyata antar kombinasi perlakuan. Untuk analisis interaksi GxE digunakan analisis model GGE menggunakan program SAS dasar (Burgueno et al.,2001). Hasil analisis model GGE disajikan dalam bentuk grafik biplot. Hasil penelitian menunjukkan bahwa banyak bakteri ditemukan pada daerah rhizoshere tanaman gandum termasuk bakteri fiksasi N dan bakteri pelarut P yang ada dalam populasi. Telah diperoleh 35 isolat bakteri dan 5 isolat mempunyai kemampuan yang tinggi untuk memproduksi IAA dan 4 isolat efisien dalam melarutkan P.